Cealaltă marcă a represiunii militare era dispariţia deţinuţilor. Unele cadavre erau arse şi înhumate în gropi comune. Despre soarta lor nu se ştia nimic. Unele dintre familiile victimelor primeau, de la autorităţi, informaţii confuze sau eronate, dar majoritatea nu afla nimic. Mai exista o metodă de eliminare definitivă a deţinuţilor. Erau organizaţi în mici grupuri, li se aplicau injecţii cu somnifer, erau transportaţi la unul dintre aeroporturile Capitalei, urcaţi în avioane ale Marinei Militare, dezbrăcaţi complet şi aruncaţi în estuarul fluviului Rio de la Plata sau în Oceanul Atlantic. În cartea Zborul, jurnalistul argentinian Horacio Verbitsky redă un lung interviu cu ofiţerul de marină Adolfo Scilingo, care a efectuat două dintre aceste zboruri ale morţii. Cu mult calm şi stăpînire de sine, Scilingo relatează experienţa, în faţa reportofonului, spunînd că operaţiunea era „ceva ce trebuia făcut. […] Se îndeplinea şi era de la sine înţeles că era cea mai bună cale, nu se discuta. Era ceva suprem, care se realiza pentru ţară.“

Operaţiunea a avut loc în fiecare miercuri, timp de doi ani. Celor 15 sau 20 de deţinuţi, aleşi pentru fiecare zbor, li se spunea că urma să fie transferaţi la un centru de detenţie din Patagonia şi că injecţia aplicată de medicul naval era un vaccin impus de schimbarea climei. Scilingo îşi aminteşte că nici una dintre victime nu bănuia adevărul şi este convins că ocultarea acestuia era, în fapt, un act de caritate. Fostul ofiţer care, împreună cu colegii săi, a transportat şi a aruncat în ocean 30 de oameni vii îl întreabă pe Verbitsky: „Cine suferă mai mult, cel care ştie că va fi împuşcat sau cel care a murit prin această metodă?“. Primul zbor, însă, l-a tulburat pe Scilingo, făcîndu-l să aibă îndoieli asupra misiunii sale. Preotul militar cu care a discutat i-a spulberat îndoielile – „îmi spunea că era o moarte creşti