În ultima vreme se desfăşoară o polemică mai agitată decât altele cu privire la vaccinare. Există unele voci în lumea largă care contestă vaccinul. Unii susţin că vaccinarea are efect de apă chioară şi că dispariţia unor boli n-ar fi rezultatul eficienţei vaccinurilor, ci desfăşurarea ciclică, cu suişuri şi coborâşuri, a oricărei boli. Cei care atacă vaccinurile sunt unii cu orientări de terapii naturiste.
A culminat în reproşurile aduse vaccinurilor un specialist din America, care l-a făcut praf, anulându-i meritele, chiar pe părintele vaccinurilor, savantul Pasteur. Profesorul Adrian Streinu Cercel, manager al Institutului Naţional de Boli Infecţioase „Prof. Dr. Matei Balş", membru al Academiei de Ştiinţe Medicale, susţine în continuare că vaccinurile au adus mult bine omenirii. Argumentele sunt următoarele: după apariţia vaccinului specific, poliomelita a fost eradicată, existând acum câteva zeci de ani adevărate epidemii care bântuiau în rândul copiilor şi tinerilor şi lăsând în urmă şi morţi, dar şi oameni invalizi.
Tot în rândul „faptelor bune" făcute de vaccinare poate fi citată eradicarea varicelei. Şi mai nou se citează cazul virusului hepatic B. Când în anii 1994-1995 s-a luat hotărârea vaccinării împotriva virusului hepatic B a tuturor sugarilor, consecinţa a fost învingătoare. S-a înjumătăţit numărul de infectări cu virusul B. Fiind vorba tot despre virusuri care atacă ficatul, ştiinţa mondială se străduieşte să descopere şi un vaccin împotriva virusului hepatic C, dar treaba nu este uşoară, pentru că acest virus ştie să „îşi pună diverse măşti", păcălind încercările de fabricare a unui vaccin.
Profesorul Adrian Streinu Cercel menţionează că vaccinurile au înregistrat mari progrese. La nivelul anilor 2000, vaccinul se face prin inginerie genetică şi în cadrul vaccinului se produce doar acea genă din bacterie sau v
