În lucrarea lui Prodan privind iobăgia, acesta a insistat asupra caracterului naţional al Răscoalei mai mult decât o făcuse în lucrarea din 1938, unde o tratase în principal ca pe o mişcare socială. Deşi arată cum din când în când Răscoalei i s-au alăturat şi iobagi maghiari, Răscoala a fost un fenomen românesc, deoarece era convins că

problema iobăgiei devenise inextricabil legată de statutul românilor din Transilvania în general. Astfel, iobăgia nu putea decât să reflecte faptul că mai mult de trei pătrimi dintre iobagii principatului erau români. La fel, caracterul aproape complet maghiar al nobilimii venea şi el să întărească aspectul naţional al dorinţei de emancipare a ţăranilor. Mulţi ţărani români vedeau noţiunile de "maghiar" şi de "nobil" ca fiind sinonime, tot aşa cum "iobag" şi "român" însemnau acelaşi lucru în gândirea nobililor. Această stare de fapt nu putea decât să ducă la exacerbarea relaţiilor dintre stăpâni şi slujitori. Cu toate acestea, Prodan insistă asupra faptului că Răscoala lui Horea a fost un fenomen în esenţă ţărănesc şi deci nu o insurecţie naţională care ar fi avut drept scop emanciparea politică.

O lucrare de o factură diferită este Supplex Libellus Valachorum. Era o lucrare de sinteză şi deci era diferită ca formă de volumele despre iobagi şi despre Horea, care abundau în fragmente din sursele folosite. Aici, pentru prima dată în istoriografia românească, Prodan a luat asupra sa sarcina de a face o cercetare amanunţită a ideii de naţiune, aşa cum era ea înţeleasă în secolul al XVIII-lea. În încercarea de a depista schimbările de sens pe care le suferise termenul de "naţiune", a arătat clar că etnicitatea determina părerile oamenilor despre comunităţile mari. Prodan susţinea ideea că etnicitatea era ceea ce îi separa pe români de celelalte naţiuni din Transilvania şi motivul pentru care li se refuzau drepturile şi privi