Un mare numar de scoli clujene functioneaza in cladiri care apartin cultelor religioase. Acestea sunt obligate sa tolereze functionarea unitatilor de invatamant in conditiile in care autoritatile locale nu au gasit solutii pentru mutarea acestora. Cele mai multe astfel de imobile apartin Bisericii Catolice. Biserica Greco-Catolica este cultul cel mai dezavantajat. In anul 1948, acest cult a fost interzis de autoritatile comuniste, iar toate proprietatile ei au fost date fie in administrarea Bisericii Ortodoxe Romane, fie au ramas in cea a Statului. Dupa Revolutie, nedreptatea a continuat. In prezent, in vechiul sediu al Episcopiei, amenajat in anul 1930 de catre cardinalul Iuliu Hossu, sunt nevoite sa functioneze cinci institutii: Episcopia Greco-Catolica de Cluj-Gherla, Facultatea de Teologie, Liceul Teologic, Institutul Teologic si Editura "Viata Crestina". Cladirile care au apartinut Bisericii Romane Unita cu Roma sunt folosite de catre scoli care ar trebui sa se afle in grija Ministerului Educatiei si Cercetarii ori a Consiliului Local Cluj-Napoca. Astfel, Academia de Muzica "Gheorghe Dima" functioneaza in sediul vechii Academii Teologice Greco-Catolica. Pentru palatul situat in centrul municipiului Ministerul Educatiei plateste o chirie mai mult simbolica. De asemenea, Scoala "Ioan Bob", situata ultracentral, chiar in curtea primei biserici romanesti din oras, functioneaza in cladirea unei foste scoli confesionale greco-catolice. Un alt exemplu este cel al Colegiului "George Cosbuc", care functioneaza in cladirea fostei Scoli de Fete "Sfanta Maria", patronata de Congregatia Surorilor Maicii Domnului, primul ordin calugaresc catolic exclusiv romanesc. Totodata, Liceul de Muzica "Sigismund Toduta" functioneaza in cladirea Manastirii Franciscane din Piata Muzeului. Reformatii, in aceeasi situatie cu catolicii Nu doar Biserica Catolica intretine scolile statu