În acest sezon, în Cupa UEFA Intertoto vor lua startul 50 de echipe din 49 de asociaţii europene, iar România va avea două reprezentante, pentru că federaţia din Scoţia şi-a retras participanta din competiţie. Aflată pe prima poziţie a listei de aşteptare pentru turul I, cea de-a doua echipă din ţara noastră va evolua în turul inaugural al întrecerii care reprezintă, de fapt, o poartă pentru accederea în preliminariile Cupei UEFA, în timp ce cealaltă grupare va intra direct în turul secund. Cluburile participante în Cupa UEFA Intertoto vor fi stabilite până la finalul sezonului 2006/2007.

Primul tur al competiţiei va avea loc în dublă manşă, pe 23/24 iunie şi 30 iunie/1 iulie, în cursă intrând reprezentantele a 28 de naţiuni, celor 14 echipe calificate urmând să li se alăture în turul doi formaţii din ţări precum Ucraina, Rusia sau Belgia. Respectivele meciuri vor avea loc pe 7/8 iulie şi 14/15 iulie. Ultimul tur este programat pe 21/22 iulie şi 28/29 iulie.

Prima reprezentantă a României va juca în turul I contra reprezentantei Muntenegrului, manşa tur fiind programată în ţara noastră. În cazul calificării, echipa română va întâlni în turul al doilea reprezentanta Israelului, prima manşă urmând să aibă loc în deplasare. În cazul unei noi calificări, aceasta se va confrunta în turul trei cu reprezentanta Spaniei.

Cea de-a doua echipă din România va intra în competiţie în turul secund, când va întâlni (prima manşă în deplasare) învingătoarea dintre reprezentantele Bosniei-Herţegovinei şi Andorrei. În cazul calificării, aceasta va întâlni învingătoarea dintre reprezentantele Turciei şi Croaţiei (sau Albaniei).

Cele 11 câştigătoare ale meciurilor din cadrul turului al treilea se vor califica în cel de-al doilea tur preliminar al Cupei UEFA.

În acest sezon, în Cupa UEFA Intertoto vor lua startul 50 de echipe din 49 de asociaţii europene, iar Rom