Lisabona va avea în următoarea jumătate de an o agendă grea, având în vedere că Portugalia nu este un stat care se poate compara ca talie şi influenţă cu ţări precum Germania, care tocmai îşi încheie mandatul la preşedinţia UE. Sarcina cea mai importantă a Portugaliei va fi de a pune cât mai rapid în mişcare mecanismele europene pentru a da o formă finală acordului la care au ajuns liderii europeni cu ocazia Consiliului European din 21-23 iunie.
Responsabilitatea viitoarei preşedinţii nu va fi foarte uşoară, având în vedere că negocierile privind noul tratat european ar trebui încheiate până în octombrie. Totuşi, Lisabona consideră că trei luni sunt îndeajuns pentru discuţiile de detaliu, bazându-se şi pe faptul că Berlinul va ajuta în continuare noua preşedinţie pentru a se asigura de succesul total al noului tratat.
Astfel, conform planului pe care şi l-a propus premierul portughez José Socrates, textul noului tratat european va fi gata până la summitul informal al UE din toamnă, negocierile oficiale urmând să înceapă la 23 iulie. Agenda preşedinţiei portugheze nu se va limita însă numai la discuţiile asupra formei finale a tratatului. Sub supravegherea Lisabonei va fi implementat SISII (Sistemul de Informare Schengen) şi va trebui transpus în acquisul comunitar Tratatul de la Prüm.
În plus, portughezii vor trebui să tranşeze cu SUA spinosul subiect al schimbului de informaţii privind datele pasagerilor de pe cursele transatlantice şi să continue abordarea globală asupra imigraţiei, iniţiată de Germania. În acest sens, Lisabona plănuieşte o conferinţă a statelor mediteraneene pentru luna noiembrie. Pe agenda preşedinţiei vor mai figura negocierile asupra directivei prin care sunt sancţionaţi angajatorii care oferă locuri de muncă imigranţilor ilegali, dar şi cele asupra normei care reglementează angajarea muncitorilor calificaţi din afara spaţ
