Relaţiile tensionate dintre preşedinţie şi guvern sunt, de fapt, cauzate de o lacună legislativă care ar fi trebuit rezolvată prin promovarea - de către parlament sau guvern - a unui proiect de act normativ menit să lămurească situaţia.Dispariţia Comisiei de la Cotroceni în cazul anchetării unor miniştri a lăsat o lacună legislativă, astfel că, în lege, noţiunea „dosar al cauzei“ apare doar în relaţia preşedinţie - Ministerul Justiţiei, nu şi în relaţia Parchet - preşedinţie. În toate cazurile în care s-a solicitat aviz pentru anchetarea unor actuali sau foşti membri ai guvernului, dosarul penal integral nu a plecat niciodată de la procuror.

Dosarul cauzei nu se confundă cu cel penal În Legea nr. 115 din 1999 privind răspunderea ministerială nu se spune că, atunci când Parchetul solicită preşedinţiei aviz de începere a urmării penale procurorul trebuie să trimită tot dosarul. Potrivit procedurii, Parchetul trimite la preşedinţie referatul cu solicitarea avizului şi unele copii după actele considerate relevante din dosarul penal în baza cărora procurorul îşi întemeia cererea de începe a urmării penale. Niciodată, până în prezent, procurorii n-au trimis şefului statului întregul dosar. În cazul sesizării Comisiei speciale de la Cotroceni, pe vremea când aceasta exista, pe lângă hârtiile trimise de Parchet (actele considerate relevante şi referatul prin care se cerea aviz pentru începerea urmăririi penale) se constituiau şi alte acte pentru că acolo miniştrii erau chemaţi, audiaţi, aduceau probe, ceea ce acum nu se mai întâmplă. Acela era considerat până acum „dosarul cauzei“: un dosar care conţinea în parte copii ale unor probe din dosarul penal, la care se adăugau probele pe care le considerau concludente şi le aduceau în faţa Comisiei de la Cotroceni cei cercetaţi. Aşadar, era vorba de alt dosar al „cauzei“ aflat în atenţia Comisiei, nu cel de pe masa pro