De cele mai multe ori, motivatia, justificarea religioasa a acestei forme de terorism se imbina cu cauze etnice si geopolitice, asa cum reiese din analiza evolutiei lor istorice. Persecutarea si masacrarea crestinilor in Imperiul Roman, cruciadele, razboaiele religioase din timpul Evului Mediu (Noaptea Sf. Bartolomeu – 1572), confruntarile dintre Catolicism si Reforma, ca si o serie de acte din timpul miscarilor revolutionare (prigonirea catolicilor irlandezi in timpul razboiului din 1649-1653 initiat de Cromwell) au avut adesea ca tinta distrugerea lacaselor de cult si producerea de victime printre slujitorii religiei si printre credinciosii inocenti, de diferite confesiuni. In acelasi timp, au existat o serie de obiective/interese de natura politica, vizand dobandirea sau consolidarea puterii mai ales in perioadele de criza istorica.
Justificarea acestor masacre a fost cautata in texte religioase, dar a fost exprimata si de liderii unor confesiuni. In 1543, Martin Luther le cerea credinciosilor incendierea sinagogilor si scolilor, arderea cartilor sfinte si persecutarea slujitorilor cultului mozaic.
„Terorismul religios" s-a manifestat din plin in formele de represiune, chiar in masacrele care au fost pogromurile. Se considera ca primul dintre acestea a avut loc in 1821, la Odesa. De altfel, in Imperiul Tarist au avut loc cele mai numeroase pogromuri (1859, 1871, 1881, 1886, 1905). Se estimeaza ca Revolutia Bolsevica si Razboiului Civil care a urmat au dus la uciderea a circa 250.000 de evrei.
Dar nu numai in Rusia au avut loc asemenea acte, iar victimele acestora au fost nu numai evrei. Pogromuri au mai fost inregistrate si in Irlanda, Polonia, Argentina. Un alt exemplu il constituie masacrarea in Turcia a populatiei armene dupa primului razboi mondial.
In acelasi timp, trebuie remarcat faptul ca „terori
