Liviu Negoita nu a avut si nu are o relatie cordiala cu liderii PD-L. De-a lungul timpului au existat divergente si tensiuni intre primarul sectorului trei si conducerea PD-L. Democrat-liberalii au fost nemultumiti de activitatea electorala a lui Negoita si i-au reprosat scorul slab obtinut pe Bucuresti in campania pentru europarlamentare. Totusi, Negoita este unul din preferatii lui Traian Basescu. Democrat-liberalii nu l-au nominalizat pentru acest post, propunera venind strict de la seful statului.
Primul meci pe care Negoita l-a avut cu conducerea PD-L a fost in februarie 2008, cand nu a vrut sa candideze pentru Primaria Capitalei. Atunci, s-a discutat intens despre desemnarea candidatului la primaria Capitalei. In calcul erau luate doua nume: Adriean Videanu Liviu Negoita. Potrivit sondajelor de la vremea respectiva, primarul sectorului trei avea sanse foarte mari sa obtina mandatul.
Democrat-liberalii l-au rugat atunci sa candideze la primaria Capitalei, insa Negoita a refuzat categoric motivand ca sanatatea nu-i permite responsabilitatea unei astfel de functii si ca doreste sa-si continue munca la sectorul 3. Liderilor PD-L nu le-a picat prea bine refuzul si nu au uitat ca datorita acestui refuz au pierdut primaria Capitalei.
In decembrie 2008, cand PD-L era in negocieri directe cu PSD pentru formarea guvernului, Liviu Negoita si-a luat concediu si a plecat la schi in Elvetia. La bursa zvonurilor, numele sau aparuse printre nominalizarile pentru postul de ministru al Apararii. Plecarea in vacanta a sefului PD-L Bucuresti a creat noi nemultumiri in randurile democrat-liberalilor de la varf.
Dupa cateva luni, un alt scandal in interiroul PD-L: rezultatul alegerilor europarlamentare. Liviu Negoita a fost coordonatorul campaniei pe Bucuresti, iar rezultatul slab i-a atras critici din partea liderilor PD-L. Bucurestiul
