Intregul teritoriu al Romaniei a fost declarat zona sensibila din cauza poluarii provenite din apele neepurate corespunzator. Pe de alta parte, Romania a fost criticata la Summmitul de la Copenhaga, pentru ca nu a tratat cu seriozitate problema zonelor protejate.

Orasele cu mai mult de 100.000 de locuitori raman cei mai mari poluatori ai apelor, peste 50% din cantitatile de poluanti provenind din activitatea aglomerarilor urbane. Principala cauza pentru aceasta situatie este insuficienta statiilor de epurare, la care se adauga lipsa de dotari la cele existente si amploarea dezvoltarii urbane din ultimii ani. Cantitatile de nitrati si amoniu din rauri raman in continuare de doua-trei ori mai ridicate in sud-estul Europei decat in nordul continentului. Totusi, autoritatile care se ocupa cu monitorizarea calitatii apelor din Romania spun ca, fata de anii trecuti, s-au inregistrat ceva progrese. Potrivit Raportului de Monitoring realizat anual de Apele Romane, in perioada 2005-2008 s-a inregistrat o reducere cu 10% a cantitatii de poluanti evacuati in receptorii (rauri) naturali, insa acest fenomen este determinat in special de scaderea consumului de apa potabila, care a redus si volumul de ape uzate evacuate.

In ceea ce priveste statiile de epurare, la nivelul anului 2008 doar 29,1% (394 de statii din 1.353 existente) functionau corespunzator. Specialistii au avertizat ca poluarea provenita de la orase ajunge pana in Delta si Marea Neagra, astfel incat, din cauza pozitionarii Romaniei in bazinele acestora, intregul teritoriu al tarii a fost declarat zona sensibila. Aceasta inseamna ca orasele cu mai mult de 100.000 de locuitori trebuie sa asigure o infrastructura pentru epurarea apelor uzate care sa permita epurarea avansata, mai ales in ceea ce priveste nutrientii. Implementarea Directivei Europene privind epurarea apelor uzate urbane este