În septembrie 2005, printr-o Hotărâre de Guvern, fostul Muzeu Kalinderu a fost transferat din administrarea Muzeului Naţional de Artă Contemporană (MNAC), în care se afla din 2002, către Muzeul Naţional de Artă al României (MNAR), pentru a fi reînfiinţat Muzeul "Ion şi dr Nicolae Kalinderu" în care să fie expusă colecţia după restaurarea clădirii. Suma de cinci miliarde, amintită atunci de secretarul Virgil Niţulescu, era "una pur teoretică".

În februarie 2006, Ministerul Culturii şi Cultelor demara "Programul de restaurare a monumentelor istorice şi de construire şi modernizare a clădirilor de interes cultural", astfel Ministerul Finanţelor Publice urma să identifice şi să atragă cele 250 milioane de euro necesare. Instituţiile publice de cultură care urmau să fie modernizate şi consolidate cu fonduri din acest împrumut internaţional de la Banca de Dezvoltare a Consiliului Europei sunt: Muzeul Naţional de Istorie (22.700.000 euro), Muzeul Naţional de Artă (16.000.000 euro), Muzeul Colecţiilor de Artă (6.000.000 euro), Muzeul Kalinderu (1.140.000 euro), Palatul Culturii din Iaşi (7.800.000 euro), Teatrul Naţional "Vasile Alecsandri" (7.000.000 euro), Teatrul Naţional Cluj (5.600.000 euro), Opera Naţională Bucureşti (19.400.000 euro), Teatrul Naţional de Operetă (7.000.000 euro). Restul de 80.000.000 euro trebuia să fie alocat pentru terminarea lucrărilor la Biblioteca Naţională. Programul desfăşurat pe perioada "a doi-trei ani îşi propunea readucerea acestora la o stare bună de utilitate". Au trecut cei trei ani şi nici unul dintre obiective nu este în stare de funcţionare, în unele cazuri nici măcar nu au început lucrările.

În 2006, fostului Muzeu Kalinderu i-au fost alocaţi prin acest program 1.143.000 de euro, pe care nu i-a cheltuit, pentru 2007 i-au fost realocaţi cei 1.143.000 euro şi încă 4.114.800 lei rămaşi necheltuiţi, în 2008 ş