Ceea ce deosebeşte toate aceste modele nu este neapărat felul în care relaţia dintre cei doi actori este decriptată pe diferite paliere ale politicilor publice, ci gradul de autonomie al Bisericilor garantat de către stat. Recunoaşterea de către stat a autonomiei se află la jumătatea drumului între separaţia strictă şi parteneriatul necondiţionat. Din acest motiv, vorbim de autonomii diferite care se află în permanenţă într-un proces de redefinire. Recunoaşterea autonomiei unei Biserici faţă de Stat nu înseamnă imixtiunea Bisericii în cele ce sunt de competenţa Statului, aşa cum lasă să se înţeleagă cei care contestă acest model de pe poziţii laiciste. România se încadrează în categoria statelor care practică un model de cooperare inspirat din cel german şi care, totodată, recunoaşte prin Constituţie autonomia Bisericilor. O autonomie care încearcă să traducă o experienţă istorică aparte, o realitate confesională existentă şi care oferă soluţii la raportarea uneori conflictuală dintre dreptul canonic şi dreptul civil.

Cei care îmbrăţişează laicitatea ca ideologie preferă separaţia strictă între Stat şi Biserică şi resping orice model alternativ. Preluată de multe ori în forma sa extremă, promovată de Revoluţia Franceză, laicitatea este expresia dorinţei de a identifica spaţiul public cu un spaţiu profan, în care valorile de orice fel, mai cu seamă religioase nu au ce să caute. Argumentele în favoarea laicităţii sunt bazate pe o formă de exacerbare a virtuţilor ecumenismului şi pluralităţii de opinii. Fiind supralicitate, acestea sfârşesc prin a nu mai fi operaţionale. Laicitatea foloseşte vocabularul toleranţei pentru a justifica o formă de raportare a Statului faţă de Biserică bazată pe intoleranţă. Laicitatea reprezintă o formă mai edulcorată a ateismului comunist, cu care împărtăşeşte, de altfel, o neîncredere funciară în capacitatea persoanelor de a-şi