Arafat este considerat a fi unul dintre cei mai de preț medici pe care România îi are, iar activitatea sa a fost recunoscută și onorată cum se cuvine.

În anul 2003, el a primit Ordinul National „Pentru Merit” în gradul de Cavaler acordat de președintele României în funcție în acea perioadă Ion Iliescu, pentru întreaga activitate științifică și de cercetare, pentru contribuția deosebită la dezvoltarea și promovarea tehnologiei informației și comunicațiilor în România. Distincțiile n-au încetat să îi fie acordate, totuși. La 31 decembrie 2005, Raed Arafat a fost decorat de către Traian Băsescu, președintele României, cu Ordinul Național „Pentru Merit” în grad de Ofițer, pentru eforturile depuse în salvarea oamenilor la inundații și pentru eforturile depuse zi de zi pentru salvarea vieților a numeroși români.

În 2006, medicul a fost ales ”Omul Anului” la Târgu-Mureș, cea mai importantă distincție locală acordată târgumureșenilor fapt care a atestat, practic, oficial, faptul că Raed Arafat a fost adoptat de comunitatea locală. În 2010 a fost numit profesor invitat la Universitatea de Medicină și farmacie „Victor Babeș” din Timișoara.