La data de 23 august 2007, premierul Călin Popescu Tăriceanu l-a numit subsecretar de stat în Ministerul Sănătății Publice, iar Arafat a acceptat biroul fără să neglijeze ceea ce iubește atât de mult, meseria de medic.

”Fiind la minister, sunt situaţii în care sâmbătă şi duminică mă duc să fac gardă voluntară, numai ca să nu pierd abilităţile, cunoştinţele şi îndemânarea în domeniu. Păstrez legătura cu domeniul practic şi nu am de gând să-l las. Faptul că ajuţi pe cineva, că salvezi o viaţă, că faci ceva, indiferent că o faci prin sistem sau personal, este un lucru care nu are egal”, declara el. Deși multă lume îl vedea la conducerea Ministerului Sănătății, medicul a afirmat că nu se gândește la o funcție politică, medicina fiind viața lui: ”Nu este cazul sa fiu ministru. Funcţia de ministru este una politică şi acolo stă un politician care ia decizii politice şi eu nu pot să reproşez acestui ministru nimic aşa că nu văd de ce ar fi înlocuit. Plus că eu sunt un om tehnic, ştiu ce înseamnă serviciile de urgenţă şi treaba mea este să consiliez un ministru cu privire la aceste detalii, să-l informez. Şi s-a văzut clar că treaba mea este în teren”.