După ce de abia s-a intabulat pe terenul de sub mănăstire, călugării de la Mănăstirea Putna se văd atacaţi din nou în instanţă de către instituţiile statului. Cei de la ANAF au depus o contestaţie în anulare a deciziei Tribunalului Suceava, în urma căreia Mănăstirea Putna devenea proprietară pe terenurile pe care vieţuieşte de peste 520 de ani. Motivarea celor de la Finanţe este halucinantă, deoarece îi acuză pe călugări nu au plătit taxă de timbru şi insinuează că Mănăstirea Putna nu ar aparţine cultului religios ortodox din România, fapt care ar fi scutit-o de această plată.
Problemele călugărilor de la Mănăstirea Putna sunt departe de a se fi terminat. Din dorinţa de gospodărire, vieţuitorii de aici au realizat că, deşi de facto ei sunt stăpâni la mănăstire, în acte proprietar este statul român.
De aici şi problema cu atragerea de fonduri sau proiectele pentru reparaţiile mult necesare la construcţiile mănăstirii, deoarece nefiind proprietari nu pot accesa banii şi nici nu pot face prea multe lucrări. Multă vreme nimeni nu a spus nimic, deoarece terenurile cu pricina făceau parte din mult controversatul Fond Ortodox Bisericesc, însă la începutul anului 2011, Mănăstirea Putna a deschis acţiune separată în instanţă şi a cerut dobândirea prin uzucapciune a dreptului de proprietate pe o suprafaţă de 140.243 de mp, teren pe care se află şi mănăsirea şi gospodăria acesteia.
La prima instanţă, la Judecătoria Rădăuţi au pierdut, iar la recursul de la Tribunalul Suceava magistraţii le-au dat o sentinţă favorabilă. Astfel, la 1 iulie 2011 Mănăstirea Putna devine proprietară pe terenuri şi se intabulează pe acestea.La şase luni de la acest moment, Direcţia Generală a Finanţelor Publice a Judeţului Suceava, depune la Tribunalul Suceava o contestaţie în anulare asupra dreptului de proprietate şi motivează acţiunea cu nişte argumente care sunt puţin ca
