Teodor Baconschi a stârnit criticile ONG-urilor din România, în 2010, după ce a declarat că există "nişte probleme fiziologice, naturale, de infracţionalitate în sânul unora dintre comunităţile românilor de etnie romă din străinătate". Ministrul nu a fost sancţionat de premier la momentul respectiv, ci de Consiliul Naţional pentru Combaterea Discriminării.
Vorbind despre comunitatea română din Franţa, la începutul lui 2010, ministrul Teodor Baconschi a afirmat: "Avem nişte probleme fiziologice, naturale, de infracţionalitate în sânul unora dintre comunităţile româneşti, în special în rândul comunităţilor cetăţenilor români de etnie romă.”
Organizațiile non-guvernamentale au criticat declaraţia, susţinând că prin această afirmație, Baconschi asociază direct infracționalitatea cu etnia. "Mai mult decât atât, într-o manieră de maximă gravitate, dă o explicație biologică asocierii în infracționalitate, explicație caracteristică Germaniei naziste în motivarea Holocaustului", se arată în comunicatul de presă al organizațiilor.
Potrivit acestora, asocierea etniei cu infracționalitatea lezează dreptul romilor la demnitate și încalcă legislația românească, europeană și internațională în materia drepturilor omului.
O scrisoare de protest prin care s-a cerut demisia ministrului Afacerilor Externe a fost semnată de Alianța Civică a Romilor din România, Asociația ACCEPT, ActiveWatch-Agenția de Monitorizare a Presei și alte zece ONG-uri din țară. Emil Boc nu a luat însă o astfel de decizie.
În schimb, Consiliul Naţional pentru Combaterea Discriminării (CNCD) a analizat declaraţia şi a decis că Baconschi se face vinovat de discriminare la adresa romilor.
