În 2000, Hunor câştigă un mandate de deputat, în Harghita, din partea UDMR. A candidat la alegerile prezidenţiale din 2009 şi odată cu intrarea la guvernare împreună cu PDL, în decembrie al aceluiaşi an, Kelemen Hunor a devenit ministru al Culturii.
"Toate formaţiunile politice susţin Roşia Montană, toate formaţiunile! Vă daţi seama, acum nouă ani, când au dat prima aprobare, era PSD-ul la guvernare. PDL-ul a susţinut tot timpul. Despre PNL, pot să vă spun că unii au susţinut, alţii nu au susţinut". (Kelemen Hunor, 2011)
În calitate de ministru al Culturii şi Patrimoniului Naţional, Kelemen Hunor a semnat, în iulie 2011, avizul de descărcare arheologică privind exploatarea de la Roşia Montană.
Comisia Naţională de Arheologie i-a trimis lui Hunor certificatul care prevederea descărcarea arheologică, deşi, în 2004, Curtea de Apel Braşov anulase, definitiv şi irevocabil, prevederea certificatului de a minimaliza importanţa patrimonială a masivului Cârnic.
Kelemen Hunor l-a demis, de asemenea, din funcţie de patru ori pe directorul Muzeului Naţional de Istorie a Transilvaniei, prof. Ioan Piso, din cauza opunerii sale faţă de proiectul minier de la Roşia Montană.
Dat în judecată, Piso a câştigat de fiecare dată procesul cu Ministerul Culturii, reluându-şi locul la conducerea Muzeului Naţional de Istorie a Transilvaniei.
