Din vremea domniei lui Alexandru Ioan Cuza datează două mari lovituri date de stat Bisericii.
După cum i-a urat Mihail Kogălniceanu în ziua când a fost ales domn al Moldovei, Alexandru Ioan Cuza a fost bun „mai ales cu acei pentru care mai toţi Domnii trecuţi au fost nepăsători sau răi".
Iubit de ţărani, cărora le dăduse pământ şi şcoli primare, domnul Unirii nu s-a bucurat de simpatia preoţilor. Prin Legea secularizării averilor mănăstireşti, din decembrie 1863, averea Bisericii a fost confiscată de stat. Iar prin Codul Civil, din 1865, actele de stare civilă au fost trecute, din grija Bisericii, în cea a statului. Naşterea, căsătoria, divorţul şi moartea - evenimente fundamentale ale trecerii omului prin timp - au fost scoase atunci de sub jurisdicţia ecleziastică.
Lipsirea Bisericii de resurse şi prestigiu în comunitate a fost criticată de Nicolae Iorga: „Vodă-Cuza... voia să desăvârşească opera începută de Al. Ghica şi Mihail Sturdza, a dezbrăcării de orice autonomie, putere şi autoritate a bisericii, surghiunită în regiuni pur spirituale care sunt, bisericeşte, vecine cu moartea".
Confiscarea averii Bisericii a fost singura reformă a lui Cuza care nu s-a lovit de nicio împotrivire din partea oamenilor politici ai vremii. La început s-a spus că sunt avute în vedere doar averile mănăstirilor „închinate". Adică cele aflate sub ascultarea canonică a unor înalte instanţe bisericeşti aflate în afara graniţelor ţării. Nu cele duhovniceşti prezentau interes la momentul respectiv. Suprafeţele considerabile de teren deţinute de mănăstiri erau necesare statului modern pentru împroprietărirea ţăranilor.
O „daraveră seculară"
Chestiunea mănăstirilor închinate se pierdea în negura veacurilor. Sau era „o daraveră seculară", după cum i-a spus istoricul A.D. Xenopol în lucrarea „Domnia lui Cuza Vodă", apărută la Iaşi în 1
