Universitatea Bioterra a fost implicată, în 2000, într-un scandal legat de emiterea de diplome şi certificate imprimate de Ministerul Educaţiei, fără ca Bioterra să aibă dreptul pentru asemenea tipizate, la acea vreme CNEEA hotărând retragerea autorizaţiei, până la remedierea problemelor, potrivit Mediafax.
La sfârşitul anului 2000, Consiliul Naţional de Evaluare Academică şi Acreditare (CNEAA) de la acea vreme a hotărât retragerea autorizaţiei şi a dreptului de funcţionare pentru toate specializările Universităţii Bioterra Bucureşti (UBB), din cauza încălcării grave a Legii acreditării şi a Legii învăţămîntului.
Neregulile descoperite vizau organizarea ilegală, la Constanţa şi Arad, a unor filiale aparţinînd departamentului de psihopedagogie, prin concesionare către unele fundaţii, precum şi emiterea de diplome şi certificate imprimate de MEN, fără ca UBB să aibă dreptul pentru asemenea tipizate.
Conducerea CNEA preciza atunci că o diplomă care apărea la Universitatea Agronomică cu menţiunea "anulat" a fost regăsită la Universitatea Bioterra ca document autentic.
În plus, UBB anulase 40 de certificate emise ilegal doar printr-un anunţ în presă, şi nu în Monitorul Oficial, iar documentele nu au fost recuperate de la absolvenţi şi nu se regăseau în arhiva instituţiei.
O altă neregulă constatată la Bioterra era legată de existenţa unor filiale la Constanţa, Arad, Alexandria şi Drăgăşani, deşi atît în faţa comisiei MEN - CNEAA, cît şi printr-un anunţ în presă, conducerea instituţiei a susţinut că nu are nici un fel de filială.
Potrivit informaţiilor de la vremea respectivă, UBB avea aproape şase mii de studenţi, funcţionînd cu patru specializări şi un colegiu. Facultatea de inspecţie şi legislaţie fitosanitară şi veterinară şi colegiul cu acelaşi nume au fost autorizate provizoriu în 2000, iar Facultatea de Drept şi cea de Tehnologia ş
