Cei opt ani de pontificat al Papei Benedict al XVI-lea rămân marcaţi de o gravă criză în Biserică, instituţie care nu reuşeşte să-şi găsească locul în lumea occidentală şi care este discreditată de scandalurile de pedofilie sau scandalul Vatileaks.
După ce bavarezul Joseph Ratzinger a ajuns în fruntea Bisericii Catolice la 19 aprilie 2005, dezvăluirile asupra scandalurilor de pedofilie din partea preoţilor au luat amploare în Statele Unite. În 2008, acesta a fost primul papă care a exprimat "ruşinea" şi care s-a întâlnit cu victimele.
Un nou val de dezvăluiri a avut loc la sfârşitul anului 2009, când au fost înregistrate noi abuzuri în Irlanda, dar şi în întreaga Europă, America de Nord şi America de Sud. Protecţia preoţilor pedofili de către ierarhia catolică a provocat un mare scandal.
Benedict XVI se consideră vinovat de faptul că nu a luat măsuri de rezolvare a problemei, în timpul celor 24 de ani în care a fost şef al Congregaţiei pentru Doctrina Credinţei. Cu toate acestea, contrar anumitor oficiali de la Vatican, care au vorbit despre un complot mediatic, Papa a recunoscut "păcatele" Bisericii şi a lansat o operaţiune de "curăţare", prin care zeci de episcopi au fost demişi.
Primul papă german din istorie a evitat să dea lecţii de morală, preferând să vorbească despre credinţă. El rămâne primul suveran pontif care a admis folosirea prezervativului, în cazuri excepţionale pentru a preveni răspândirea SIDA. Într-o compilaţie de interviuri cu titlul "Lumina lumii", publicată în 2010, el a admis ceea ce a fost un prim pas spre o "sexualitate mai umană".
În urma incertitudinilor de după Consiliul al II-lea de la Vatican (1962 - 1965) şi a pontificatului lui Ioan Paul al II-lea, intens mediatizat dar marcat de neglijenţe, Benedict XVI şi-a fixat drept priorităţi consolidarea identităţii Bisericii Catolice, eliminarea exceselor şi a