Abia ales, noul Papă Francisc declanşează deja polemici legate de atitudinea sa în timpul dictaturii militare din ţara lui de origine, Argentina. El este acuzat că ar fi închis ochii în faţa răpirii de către regim a doi călugări iezuiţi sau chiar că ar fi colaborat cu junta. Acuzaţiile au fost formulate inclusiv de unul dintre cei răpiţi şi torturaţi. Fostul arhiepiscop de Buenos Aires a negat tot timpul acuzaţiile.
Controversa a luat naştere după o lungă anchetă asupra rolului Bisericii în timpul juntei, la putere în Argentina dintre 1976 şi 1983. Documentarea a fost făcută de un jurnalist de stânga din Argentina, Horatio Verbitsky. Preşedinte al Centrului de studii legale şi sociale, organizaţie neguvernamentală pentru drepturile omului, Verbitsky a publicat în 2005 o carte controversată, intitulată "El Silencio"/"Tăcerea".
Cartea se concentrează pe atitudinea Bisericii argentiniene în timpul anilor negri. Potrivit autorului, după lovitura de stat de pe 24 martie 1976, preoţii muncitori, pentru că se duceau în zonele cele mai defavorizate pentru a avea grijă de săraci, au fost persecutaţi de dictatura militară. Unul dintre cele mai cunoscute cazuri este cel legat de doi misionari francezi, Leonie Duquet şi Alice Domon. Ei au fost răpiţi, torturaţi şi în cele din urmă ucişi de militari. Crima lor? Le-ar fi ajutat pe aşa-numitele "Mame din piaţa lui Mai" să-şi caute copiii.
La acea vreme, Jorge Mario Bergoglio, actualul Papă, avea 40 de ani, era un înalt prelat în ordinul iezuiţilor şi oficia în cartierul său natal, extrem de sărac, Bajo Flores. Chiar din acest cartier, la doar o lună după lovitura de stat, agenţi ai marinei argentiniene răpesc doi iezuiţi, pe Orlando Yorio şi Francisco Jalics. Iezuiţii lucrau sub autoritatea actualului Papă. Ei au fost torturaţi timp de cinci luni, apoi eliberaţi şi trimişi în exil. A făcut Bergoglio tot ce
