O controversă privind atitudinea Bisericii catolice argentiniene în timpul dictaturii din perioada 1976-1983 a fost reactivată după alegerea în funcţia de papă a Arhiepiscopului de Buenos Aires Jorge Bergoglio, audiat ca martor fără însă a fi pus sub acuzare.

Criticii lui Jorge Bergoglio evidenţiază presupusul rol al acestuia în răpirea a doi misionari iezuiţi, Orlando Yorio şi Francisco Jalics, arestaţi în martie 1976 şi torturaţi într-un centru de detenţie. Cei doi au apărut după cinci luni, sedaţi şi aproape dezbrăcaţi de tot, fiind găsiţi pe un câmp.

"Am făcut ce am putut la acea vârstă şi date fiind puţinele relaţii pe care le aveam pentru a interveni în favoarea persoanelor sechestrate", a explicat Jorge Bergoglio.

Cardinalul argentinian a negat permanent orice responsabilitate în acest caz. La momentul producerii faptelor, el era la conducerea Ordinului Iezuiţilor din Argentina.

Cei doi misionari au fost arestaţi pentru faptul că se opuneau dictaturii, în timp ce Bergoglio încerca să menţină neutralitatea Ordinului Iezuit argentinian.

Horacio Verbitsky, autorul cărţii "Joc dublu, Argentina catolică şi militară", afirmă că există cinci martori care confirmă rolul lui Bergoglio în acţiunile guvernamentale de reprimare a Bisericii Catolice argentiniene, inclusiv în dispariţia unor preoţi. "Luptele interne din cadrul Curiei Romane urmează o logică inexplicabilă, cu fapte dintre cele mai obscure", a scris Horacio Verbitsky joi, într-un editorial apărut în cotidianul argentinian Pagina 12.

În 2005, numele cardinalului argentinian ales papă a fost asociat cu răpirea iezuiţilor. În 2010, monseniorul Bergoglio a fost interogat de magistraţi în cadrul unui proces privind crimele de război comise în timpul dictaturii. De asemenea, a fost audiat ca martor şi într-un proces privind bebeluşi ai disidenţilor adoptaţi de funcţionari ai