Regimul comunist din România a incriminat mişcarea masonică din ţara noastră. Documentele vremii vorbesc despre faptul că mulţi masoni români au sfârşit prin a fi deportaţi în Bărăgan.

Regimul comunist a încercat să destrame Marea Lojă din România. De teama represaliilor, în iunie 1948 sunt închise toate Lojile din Bucureşti.

Masonii care nu putut să scape de furia comunistă au ajuns să fie deportaţi în Bărăgan. Deportările din vara anului 1951 au avut ca efect distrugerea oricărei ipotetice structuri de rezistenţă anticomunistă.

Într-o astfel de categorie au fost incluşi şi mulţi masoni români, care au fost pur şi simplu aruncaţi în praful Bărăganului.

În epoca comunistă, în perioada 1948-1989 şi până în 1993, Marea Lojă a plecat în exil în Franţa. Mulţi Francmasoni au părăsit România şi au reconstituit Loji româneşti în ţări străine, sub protecţia Fraţilor noştri străini.

În Franţa existau câteva Loji (La Chaine d'Union, La Roumanie Unie, La Chaine d'Union Ecossaise, Steaua Dunări, Solidaritaté, Pax in Deo şi România Liberă), în Argentina Loja El Sol de Rumania lucra în Buenos Aires şi în Israel era Loja Aurora.