În anul 1486, regele Matia Corvin a cerut autorităţilor clujene să permită stabilirea în oraş a ramurii minorite a călugărilor franciscani. Astfel, conducerea oraşului a aprobat construirea în apropierea Turnului Croitorilor, pe uliţa Lupilor, a mănăstirii şi a bisericii finanţate de către regele Matia Corvin.
Sarea, valuta forte a Transilvaniei din secolul al XV-lea
Călugărul Ioan, conducătorul franciscanilor minoriţilor stabiliţi la Cluj, şi maestru al construcţiilor gotice a coordonat şantierul, iar cancelarul pentru minerit din Transilvania a fost însărcinat cu finanţarea acestora. Cantităţi impresionante din sarea provenită de la ocnele din Sic şi Turda au adus profitul necesar ridicării acestei monumentale construcţii în stil gotic târziu. După moartea lui Matia Corvin, construcţia bisericii şi a mănăstirii a fost continuată de Regele Vladislav al II-lea, care a finalizat construcţia ansamblului în 1516. Minoriţii i-au pus hramul Sfintei Maria, dar în momentul în care Reforma a ajuns şi la Cluj, biserica şi chiliile au fost abandonate, iar călugării izgoniţi din oraş.
Un nou început
La venirea pe tronul Transilvaniei a lui Cristofor Báthory, fratele Regelui Poloniei, Ştefan Bathory, un alt ordin romano-catolic a primit permisiunea de a sluji în biserica de pe uliţa Lupilor: ordinul iezuit. Iezuiţii au fondat şi o universitate, cu ajutorul clădirilor adiacente, care a câştigat imediat prestigiu datorită seriozităţii şi implicării călugărilor în actul educaţional. Chiar şi Nicolae Pătraşcu, fiul lui Mihai Viteazul şi al doamnei Stanca, a fost instruit aici.
La venirea pe tron a domnitorului protestant Moise Székely, populaţia a început să distrugă toate edificiile care au aparţinut catolicilor. Nici biserica începută de Matia Corvin nu a rămas neatinsă, iar clujenii au început să devasteze şi să demoleze biserica şi mănăstirea pe car
