ANAF a schimbat siglele instituţiei şi ale structurilor subordonate, existând sigle specifice pentru Direcţia Generală Antifraudă Fiscală, Direcţia Generală a Vămilor, Direcţia Generală de Administrare a Marilor Contribuabili, precum şi pentru Direcţiile Generale Regionale ale Finanţelor Publice.

Sigla Agenţiei Naţionale de Administrare Fiscală, precum şi siglele structurilor sale subordonate, sunt construite pe baza aceleiaşi arhitecturi grafice, constând dintr-un: logotip ANAF, simbol şi decriptor.

Logotip-ul ANAF are aceeaşi reprezentare grafică, atât în sigla Agenţiei Naţionale de Administrare Fiscală cât şi în siglele structurilor sale fără personalitate juridică sau ale unităţilor teritoriale ale acesteia. Logotip-ul constă din acronimul "ANAF". Decupajul interior al literei A este însoţit de o formă semi-circulară, paralelă cu latura îngustă a triunghiului interior al literei, din această alăturare rezultând un element grafic în forma unui taler de balanţă. Ansamblul este folosit în ambele litere A din cadrul acronimului ANAF.

Pentru fiecare structură se schimbă simbolul prin care este definită competenţa structurii respective. Astfel, pentru întreaga instituţie simbolul este un scut de culoare albastră de forma unui triunghi ascuţit cu laturile rotunjite, cu vârful orientat în jos şi cu o protuberanţă ascuţită pe latura superioară. Interiorul triunghiului este segmentat prin intersecţia în unghi drept a celor două mediane, spaţiile geometrice astfel rezultate fiind colorate în albastru (stânga sus şi dreapta jos), respectiv alb.

Pentru Direcţia Generală Antifraudă Fiscală simbolul constă într-un profil cap de acvilă, orientat spre stânga, de culoare albă, încadrat într-un pătrat de culoare roşie.

În cazul Direcţiei Generale a Vămilor, logotipului îi este asociat simbolul astrologic al comerţului constând într-un baston înari