In nici douazeci de ani, relatiile politice dintre Romania si Moldova s-au deteriorat considerabil. Istoria comuna a celor doua tari a devenit tot mai mult o istorie paralela, cu Bucurestiul devenit acum un dusman pentru regimul comunist de la Chisinau.
In primele luni din anul 1990, legaturile dintre cele doua tari aveau sa ajunga la apogeu. Moldova si Romania se redescopereau, legaturile dintre ele stateau sub semnul prieteniei fratesti, cetatenii din cele doua state circulau liber si se bucurau de proiectele gen "podul de flori".
Chisinaul oficializeaza "limba majoritatii" (nu se vorbea totusi oficial de limba romana), introduce alfabetul latin, adopta tricolorul, insa toate aceste lucruri vor duce la proteste din partea rusofonilor. In august 1991, Transnistria isi declara independenta, iar in martie anul urmator presedintele Mircea Snegur autoriza interventia militara impotriva fortelor rebele. Pe 21 iulie 1992 se semna un acord de incetare a focului, insa conflictul din Transnistria va duce pentru prima data la acuzarea Romaniei de interventie in treburile interne ale altui stat.
Primele discutii oficiale, la nivel de presedinti, vor avea loc intre anii 1992-1993, cu vizite reciproce ale celor doi sefi de stat de atunci, Ion Iliescu si respectiv Mircea Snegur. Relatiile dintre cele doua state erau cel putin cordiale.
O treptata racire se constata in timpul mandatului presedintelui Petru Lucinschi, chiar daca acesta se va intalni de mai multe ori si cu Emil Constantinescu si cu Ion Iliescu (il al doilea sau mandat). Se poate spune ca relatiile bilaterale nu erau nici bune, nici rele, ci inghetate.
Ajungerea la putere, in aprilie 2001, a liderului Partidului Comunistilor, Vladimir Voronin, nu prevestea schimbari majore. La doar o luna de la instalarea sa la putere, Voronin facea o vizita oficiala la Bucur
