Încă din ianuarie 1990, reprezentanţii Bisericii cereau CFSN să autorizeze angajarea ei în diferite proiecte sociale şi recrutarea personalului necesar pentru susţinerea acestei implicări, prin crearea de secţii de Teologie-Asistenţă Socială în cadrul institutelor teologice. Patriarhia Română a înfiinţat chiar de atunci Fondul Solidarităţii Creştine, ulterior transformat în Fondul Filantropia, integral destinat susţinerii activităţilor sociale ale Bisericii.

Unul dintre principiile fundamentale ale activităţilor social-caritative ale Bisericii, aşa cum era definit de la începutul anilor 90 de mitropolitul Moldovei, Daniel Ciobotea, era „îmbinarea Liturghiei cu filantropia“, respectiv a asistenţei religioase şi grijii pastorale cu asistenţa materială, medicală şi psihologică, într-un efort terapeutic de vindecare integrală a omului (în acelaşi timp trup şi suflet).

La început, activitatea socială a Bisericii consta în primul rând în ceea ce vom numi filantropie – proiecte de ajutorare directă şi pe termen scurt: pachete cu alimente, îmbrăcăminte, medicamente, rechizite, mai rar bani, precum şi materiale de construcţie. Acestea au fost şi continuă să fie organizate regulat, cu ocazia sărbătorilor sau în situaţia producerii unor calamităţi, fiind finanţate prin instituirea de colecte publice la nivelul parohiilor, eparhiilor sau, după caz, al întregii ţări. Acest tip de acţiuni, care nu cer eforturi financiare permanente, nici competenţe foarte specifice din partea organizatorilor, au continuat să vizeze numărul cel mai mare de persoane până târziu, în anii 2000.

Asistenţa religioasă în spitale, azile şi orfelinate avea să fie organizată iniţial informal, pe baza solicitărilor sau în acord cu conducerea respectivelor unităţi. În anul 1995, un prim Protocol de colaborare între Biserică şi Ministerul Sănătăţii avea să reglementeze prezenţa şi atribuţii