Povestea castelului este strâns legată de cea a Timişoarei, cu toate intemperiile istoriei prin care a trecut. După momentul anilor 1300, când Carol de Anjou a decis să construiască aici o rezidenţă, după Iancu de Hunedoara şi Gheorghe Doja, ocupaţia otomană a fost o nouă turnură a destinului castelului.

În 1520, sultan al turcilor otomani ajunsese vestitul Soliman Magnificul, care, în lunga sa domnie, a reluat ofensiva în sud-estul şi centrul Europei. În octombrie 1551, trupele otomane au atacat cetatea Timişoarei, care avea o deosebită importanţă strategică şi nu fusese niciodată cucerită. Întrerupt pe timpul lunilor de iarnă, asediul a fost reluat în anul următor. Comitele de Timiş Ştefan Losonczy locuia în castel şi, potrivit relatărilor lui Francesco Griselini, „atunci când cetatea Timişoarei a fost atacată de turci, castelul a fost apărat cu cea mai mare stăruinţă, dar în cele din urmă a fost predat lui Ahmed, care dorea cu înfrigurare stăpânirea asupra castelului”. Losonczy a fost silit să capituleze, iar cetatea ocupată de turci, a devenit centru de eyalet (provincie turcească) pentru 164 de ani.

Comandanţii cetăţii erau bărbaţi cu merite şi paşale cu două tuiuri sau, de multe ori, un vizir cu trei tuiuri, care avea reşedinţa la castel. Primul beilerbei al Timişoarei a fost Kasim paşa, înlocuit, în 1557, cu Lala Mustafa. Tot la castel stătea şi defterdarul, care ţinea socoteala impozitelor şi era cel mai puternic om. Importanţi erau şi musulmanii care aveau îndatoriri religioase dar, potrivit preceptelor Coranului, îndeplineau şi funcţii administrative. La castel mai locuiau imamul, muezinul, acolo era locul unde erau adăpostite bogăţiile adunate, armele şi praful de puşcă. Zilnic se înălţau rugăciuni către Mahomed pentru a feri depozitul de pulbere de explozii, dar în ciuda acestora, în secolul al XVII-lea acesta a sărit în aer şi în urma expl