Instituția responsabilă cu arhivele de pe teritoriul principatelor românești extracarpatice a fost înființată oficial în contextul elaborării Regulamentelor Organice, primele legi administrative moderne, între anii 1831-1832. Arhivele Țării Românești datează de la 1 mai 1831, iar cele ale Moldovei de la 1 ianuarie 1832. Totuși, legislația de la acea vreme nu face nicio referire la activitatea arhivistică propriu-zisă, ci exclusiv la chestiuni legate de buget și de numărul angajaților în Arhive. În 1862, în contextul creat după unirea celor două principate extracarpatice, instituția Arhivelor este organizată sub o Direcție Generală, cu sediul la București, în timp ce Arhivele de la Iași devin subordonate acesteia. Instituția devine subordonată Ministerului Justiției, Cultelor și Instrucțiunii Publice. Acesta este momentul considerat, în mod tradițional, ca dată a înființării instituției. În 1864, numărul de documente din Arhive crește semnificativ, ca urmare a deciziei de secularizare a averilor mănăstirilor, când un număr consistent de documente trece în proprietatea statului. Odată cu înființarea Arhivelor Statului Ungar, la 1875, cea mai mare parte a arhivelor vechi ale Transilvaniei este concentrată la Budapesta. La sfârșitul secolului al XIX-lea, atât în Transilvania, cât și în Banat și Bucovina, funcționează sistemul centralizării documentelor în cadrul Arhivelor de stat din Budapesta și Viena. Odată cu unificarea politică a statului roman, la 1918, se remarcă încercarea reușită de reunire și în domeniul arhivelor a noilor provincii alipite. Astfel, se înființează Arhivele Statului de la Cluj (1920), Cernăuți (1924) și Chișinău (1925) și intră în vigoare o nouă lege de funcționare a Arhivelor Statului, din 1925. Instituția funcționează în subordinea Ministerului Instrucțiunii Publice. În 1951, în perioada comunistă, Direcția Arhivelor Statului trece în subordine