Steaua, FC Timişoara şi CFR Cluj au încheiat pe ultimul loc grupele din Liga Europa din care au făcut parte, în timp ce a patra formaţie românească prezentă în această fază, Dinamo, s-a clasat pe locul 3 şi a fost singura care a păstrat şanse de calificare până la ultimul meci.
În Grupa A, FC Timişoara a strâns 5 puncte din cele 6 etape şi este singura echipă românească pregătită de acelaşi antrenor pe tot parcursul campaniei. Deşi a început bine, cu o remiză albă pe terenul lui Ajax, bănăţenii au cedat în etapa a doua, surprinzător, pe teren propriu în faţa lui Dinamo Zagreb, scor 0-3. A urmat dubla cu Anderlecht, 0-0 pe teren propriu şi 1-3 în deplasare, la finalul căreia şansele de calificare au rămas doar teoretice. În etapa a 5-a, Timişoara a cedat, acasă, în faţa lui Ajax, scor 1-2, şi şi-a anulat orice posibilitate de calificare. Elevii lui Sabău au reuşit prima victorie din acest sezon al cupelor europene în ultimul meci din faza grupelor, scor 2-1, pe terenul lui Dinamo Zagreb.
Clasamentul final al Grupei A: 1. ANDERLECHT 11p, 2. AJAX 11p, 3. Dinamo Zagreb 6p, 4. FC Timişoara 5p.
În Grupa F, Dinamo a acumulat 6 puncte şi s-a clasat pe locul 3, fiind singura echipa din România care nu a terminat pe ultimul loc şi singura care a păstrat şanse de calificare până în ultima etapă. Roş-albii au debutat cu un succes pe terenul lui Sturm Graz, scor 1-0, dar a urmat o înfrângere cu acelaşi scor, pe teren propriu, în faţa lui Panathinaikos Atena, într-un meci în care Claudiu Niculescu a ratat un penalty în ultimele minute de joc. A urmat dubla cu Galatasaray, ambele meciuri fiind pierdute, 1-4 (d) şi 0-3 (a), şi victoria în faţa lui Sturm Graz, scor 2-1, acasă, care, coroborată cu înfrângerea lui Panathinaikos la Istanbul, îi păstra pe roş-albi în cursa pentru calificare. Formaţia din Ştefan cel Mare avea nevoie de o victorie în ultima etapă, pe