Proiectul transformării Dunării într-un coridor de transport, prin strâmtarea şi adâncirea albiei, a atras nemulţumirea organizaţiilor care luptă pentru protecţia naturii, în principal a Proiectul transformării Dunării într-un coridor de transport, prin strâmtarea şi adâncirea albiei, a atras nemulţumirea organizaţiilor care luptă pentru protecţia naturii, în principal a Fondului Mondial pentru Natură (WWF).

Dragarea, canalizarea şi regularizarea pot avea un impact negativ asupra sănătăţii fluviului, distrugând astfel unele dintre funcţiile sale importante. Reprezentanţii WWF spun că planurile actuale trasate de Ministerul Transporturilor ameninţă două zone principale. Acestea includ o zonă naturală intactă de 500 de kilometri, de-a lungul graniţei dintre România şi Bulgaria, care cuprinde sute de insule. De asemenea, este în pericol şi o zonă între Călăraşi şi Brăila, de aproximativ 200 de kilometri, unul dintre ultimele locuri de depunere a icrelor pentru sturioni. Prin programul de îmbunătăţire a condiţiilor de navigaţie pe Dunăre, urmează să se închidă şi să fie deconectate anumite braţe secundare ale fluviului, să se efectueze lucrări de dragare, care să asigure o adâncime suplimentară de jumătate de metru. Pe toată lungimea lucrărilor însă se află şapte rezervaţii naturale, foarte importante pentru biodiversitate.