Statele Unite au recunoscut noul Guvern la data de 7 ianuarie 1959. Castro si-a asumat pozitia de prim ministru in februarie. In curand, insa, au aparut frictiuni intre Castro si SUA, cand noul Guvern Cubanez a inceput sa exproprieze proprietatile americane in schimbul unor despagubiri inechitabile. In februarie 1960 Cuba s-a apropiat de URSS si a stabilit un acord pentru importul de petrol sovietic. Dupa ce Cuba a expropriat aproape toate proprietatile americane din Cuba si a intarit relatiile cu URSS, SUA a intrerupt relatiile diplomatice cu Guvernul Castro.
Cuba si SUA s-au confruntat la scurt timp dupa instaurarea noului regim Castro in doua ocazii. SUA a avut o incercare fara succes de a destabiliza Guvernul Castro. La data de 16 aprilie 1961, o forta compusa din 1300 de exilati cubanezi, sprijiniti de CIA, au incercat fara succes sa invadeze Cuba intr-o zona sudica, numita Golful Porcilor. Se presupunea ca o invazie ar inspira poporul cubanez sa se rascoale si sa il inlature pe Castro.
A fost o eroare de calcul din partea americanilor; poporul cubanez l-a sprijinit pe Castro. In octombrie 1962, asa numita criza a rachetelor a avut loc dupa ce SUA a descoperit ca URSS instala o baza de lansare a rachetelor balistice cu raza lunga de actiune. Acest fapt a fost perceput de SUA ca o amenintare. Presedintele Kennedy a instituit o blocada navala in jurul Cubei, ce a durat pana cand Nikita Hrusciov a fost de acord sa le retraga. Dupa aceea, relatiile americano-cubaneze au ramas reciproc ostile.
Castro a devenit un maraist-leninist convins si a nationalizat industria, a confiscat proprietatile detinute de straini, a colectivizat agricultura si a instituit politici in sprijinul muncitorilor si taranilor. Multi dintre cei din clasa de mijloc au fugit din tara, unii dintre ei stabilind o larga comunitate anticastrista in Miami,
