Apropiat al ortodoxismului din Republica Moldova în anii 1990, Patriarhul Daniel neglijează în ultimul deceniu interesele Bisericii Ortodoxe Române (BOR) în spaţiul geografic al Mitropoliei Basarabiei.

Preşedintele Băsescu scuza inactivitatea BOR în Republica Moldova argumentând că Patriarhului Daniel este ocupat cu ridicarea Catedralei Mântuirii Neamului. Totuşi, reticenţa Patriarhului Daniel de a urma exemplu Guvernului României de a considera Republica Moldova prioritatea politicii externe româneşti poate fi explicată prin dinamica relaţiilor dintre Patriarhul Daniel, Mitropolitul Chişinăului şi Întregii Moldove PS Vladimir şi Mitropolitul Basarabiei PS Petru.

În Republica Moldova există două Mitropolii: Mitropolia Chişinăului şi a Întregii Moldove formată din aproximativ 1100 biserici şi mănăstiri şi aflată sub jurisdicţia canonică a Patriarhiei Ruse şi Mitropolia Basarabiei formată din aproximativ 160 biserici şi mănăstiri şi aflată sub jurisdicţia canonică a Patriarhiei Române. Mitropolia Basarabiei a fost reactivată în 1992 dar guvernul Republicii Moldova i-a acordat statut juridic doar în 2004 în urma unei decizii definitive a CEDO. Mitropolia Moldovei se consideră moştenitoarea de drept a Mitropoliei Basarabiei din perioada interbelică şi refuză să restituie proprietăţile BOR din Republica Moldova. De aceea majoritatea bisericilor Mitropoliei Basarabiei sunt construite recent cu ajutorul credincioşilor români din România şi Republica Moldova şi mai puţin cu sprijinul BOR.

Ortodoxismul românesc în Republica Moldova este mult mai bine reprezentat de Asociaţia Studenţilor Creştini Ortodocşi Români (ASCOR). ASCOR prin preşedintele Iulian Rusanovschi, unul dintre cei mai promiţători lideri tineri ai românilor basarabeni, a reuşit implementarea mai multor programe în ultimii ani printre care construirea de troiţe în memoria martirilor bas