Raed Arafat a demisionat din funcţia de subsecretar de stat în Ministerul Sănătăţii pe fondul scandalului accentuat în ultimele zile de preşedintele Traian Băsescu care l-a identificat pe fondatorul SMURD drept principalul duşman al reformei din sistemul de sănătate. Înainte de a pleca din postul pe care îl ocupă încă din 2007, Arafat a ţinut să-şi regleze conturile cu şeful statului, susţinând că imagine de antireformist i-a fost prezentată lui Băsescu de unii dintre cei care au lucrat la proiectul noii legi a sănătăţii, apropiaţi Cotroceniului şi care nu au avut niciun moment de gând să-i ia în considerare observaţiile. El i-a nominalizat pe Virgil Păunescu, Cristian Vlădescu şi Lucian Duţă, sugerând că unul dintre ei i-a spus lui Băsescu că Raed Arafat nu doreşte reforma în sănătate. Asta după ce, a precizat Arafat, în primele două dezbateri pe proiectul noii legi i s-a trântit în faţă că sistemul de urgenţă ar fi evoluat şi fără el.
"Nu vreau să reproduc ce mi-au auzit urechile:că doctorul Arafat nu a făcut nimic în România, că oricum evolua sistemul. (..)Am primit un telefon de la domnul preşedinte, un telefon care a venit în baza, cel mai probabil, a unei reclamaţii, de la unul dintre colegii pe care i-am enumerat, cei trei, că doctorul Arafat este împotriva reformei Sănătăţii şi nu vrea reforma sanitară şi că blochează procesul. Acest lucru nu se poate. (...) Telefonul preşedintelui s-a rezumat la o scurtă discuţie, în care a spus clar că, dacă nu îmi convine ce scriu, aşteptaţi, lăsaţi-i să scrie, şi după asta vom avea o discuţie despre aceste aspecte. După ce au terminat, am solicitat o întâlnire, mi s-a zis că va fi o întâlnire şi nu a mai avut loc", a spus Arafat.
Medicul a mai adăugat că membrii comisiei care au făcut noua lege a sănătăţii nu au ţinut cont de propunerile făcute de el, ţinând cont că aceştia nu aveau nicio pregătire în sist
