Istoria Patriarhiei Ierusalimului începe din anul 451. Peste ea, în cursul vremurilor, au trecut perşii, arabii, cruciaţii, turcii. Astăzi, jurisdicţia Patriarhiei Ecumenice se întinde asupra eparhiilor din Israel, Teritoriile Palestiniene şi Iordania. Fraţia Sfântului Mormânt a avut grija ca, din anul înfiinţării (1543), să aducă în fruntea Patriarhiei episcopi greci, deşi creştinii arabi şi-au cerut şi ei, întotdeauna, drepturile, măcar în virtutea faptului că, între cei aproape 100.000 de credincioşi, arabii sunt în majoritate.
Decizia de a rupe legăturile cu Biserica Ortodoxă Română vine ca urmare a unui litigiu jurisdicţional. E drept, aşezămintele româneşti de la Ierihon, a căror construcţie a început în urmă cu zece ani, n-au avut niciodată aprobarea scrisă a Sfântului Sinod al Patriarhiei Ierusalimului. Temelia lor a fost pusă pe vremea Patriarhului Diodoros I - un ierarh destul de controversat, mare amator de înţelegeri verbale. În ultimul an al vieţii, suferind, obişnuia să adoarmă în mijlocul câte unei discuţii. Apropiaţii săi spuneau: "Întreabă-l care e cursul shekel/dolar. Se va trezi şi-ţi va răspunde instantaneu"... Irineos I, care i-a urmat, n-a pus niciodată problema aşezămintelor de la Ierihon. În 2005, a fost depus din scaun, împotriva tuturor canoanelor (un patriarh nu poate fi îndepărtat decât dacă împotriva sa există dovezi de blasfemie, de erezie sau în cazul în care - invocând motive de sănătate, acceptă paretisisul - adică retragerea de bună voie). Acuzaţiile care i s-au adus lui Irineos I au fost că ar fi pertractat cu nişte investitori evrei din străinătate (probabil americani) vinderea, pe milioane de dolari, a două terenuri ale Bisericii din zona Porţii Jaffa (zona locuită preponderent de arabi). S-a spus atunci că Episcopul de Tabor, actualul Patriarh Teofilos al III-lea, ar fi fost întronizat cu ajutorul… fostului şef al CIA,